La constitución reiteró el principio de la libertad de prensa, en tiempos de paz, pero señaló su responsabilidad “cuando atente contra la honra de las personas, el orden social o la tranquilidad pública”. Introducía así el camino para normas punitivas amplias, pero no llegaba al punto que deseaba Núñez, quien quedó muy descontentó, a pesar de que la constitución tenía un artículo transitorio, el K, que le daba al gobierno poder, mientras se expedía la ley de prensa, de prevenir y reprimir los abusos de prensa. El uso del término prevenir es significativo y dio frutos en el decreto reglamentario, en el que el gobierno se asignó el poder de suspender las publicaciones que violaran la norma constitucional (por ejemplo, escribiendo contra la Compañía de Jesús) y confinar los periodistas a determinados sitios del país, confinamiento que podía cambiarse por el exilio, lo que se reforzó con el decreto de 1888, que don Fidel Cano denomino ley de los caballos, que autorizaba el destierro y confinamiento de periodistas. Al poco tiempo, además, se autorizó al gobierno para prohibir la circulación de periódicos extranjeros en el país. Por otra parte, el Código Penal fijaba pena de prisión para los que atacaran la constitución o injuriaran o amenazaran al presidente. La ley de prensa, aprobada en 1896, definió como delito de prensa las publicaciones ofensivas, o sea las que vulneren la honra de cualquier persona, y las subversivas, que son las que atentan contra el orden social y la tranquilidad pública.
Bajo estas normas, entre 1886 y 1909 fueron varios los periódicos cerrados y los periodistas perseguidos y se esgrimió la idea de que el derecho es solamente para ejercer el bien, y que, como se decía, el mal no tiene derechos. Sin embargo, este clima algo opresivo no impidió la existencia de algunos periódicos liberales ni una importante transformación en la prensa colombiana.
En efecto, durante estos años cambió el carácter de los periódicos. Antes eran ante todo pequeñas publicaciones de formato pequeño, pocas páginas y escasa circulación, nunca superior a los mil ejemplares, que aparecían una o dos veces por semana. Escritos por políticos o intelectuales para un público muy estrecho, de ricos y profesionales, se centraban en el debate político, cultural o religioso. La información era reducida y presentada en forma homogénea, casi sin titulación ni señales visuales de importancia. A fines de siglo aparecieron los primeros diarios privados, en los que poco a poco la información del público va tomando más y más importancia. El Telegrama, creado en 1886, fue el primer diario privado del país y el primero que hizo uso del cable internacional. Otros periódicos como El Espectador (1887-)El Correo Nacional (1890-1913), El Nuevo Tiempo (1902-1932), El Colombiano (1912-), y El Tiempo (1911-) son buen ejemplo de estas transformaciones: sus primeros números corresponden al modelo decimonónico, pero desde mediados de la década de 1910 su estructura, su diagramación, sus contenidos, se modifican aceleradamente.
Estos periódicos definieron lo que sería la estructura típica de la prensa colombiana. Fundados por políticos de buena formación intelectual y profesional, se impusieron sobre decenas que intentaron competirles al combinar un nivel adecuado de calidad periodista con la capacidad de expresar una corriente política significativa. Esto hizo que en casi todas las ciudades terminara existiendo un diario conservador y un periódico liberal: los periódicos sin afiliación política no encontraban lectores en un país en el que la polarización entre liberales y conservadores era, desde el siglo XIX, un factor central de identidad de las personas. Creados sin muchos recursos económicos, se consolidaron rápidamente como empresas familiares, que no recurrían a capitales externos. Esta combinación de fidelidad política y estructura empresarial familiar produjo una prensa de gran combatividad política, pero en la que se impusieron los diarios que, como El Tiempo y El Espectador, El Colombiano y El Correo, El País o La Patria, combinaron este carácter con rasgos de objetividad e independencia y con servicios de cubrimiento informativo aceptables para las nuevas clases medias que estaban engrosando el público de los periódicos. En las grandes ciudades, como Bogotá o Medellín, coexistían habitualmente cuatro o más diarios, y algunos de ellos se situaban en posiciones políticas más partidistas, como La Defensa (1919), El Siglo (1936-) o El Liberal
Estas transformaciones se completaron en buena parte en un contexto de libertad de expresión totalmente diferente, pues desde 1909 desapareció casi por completo la presión oficial sobre la prensa, aunque las normas legales restrictivas siguieron en los libros. Algunos pocos procesos penales por calumnia tuvieron lugar, y el 15 de diciembre de 1944 se aprobó una ley de prensa que no tenía innovaciones fundamentales, aunque El Siglo consideró que coartaba substancialmente la libertad de prensa en el país. El hecho es que entre 1909 y 1948 la prensa colombiana gozó de una libertad casi total de interferencias estatales, y esto ayudó a consolidar una tradición que hace intolerables las formas de censura y restricción de la prensa por el poder ejecutivo, de manera que solo han podido ser aplicadas en contextos de dictadura.
